Szkoła Podstawowa nr 5 w Brodnicy swą samodzielną działalność rozpoczęła w 1966 roku w dwóch budynkach przy ulicy Kościelnej. Ze względu na bardzo trudną sytuację lokalową w dniu 26 stycznia 1987 roku zwołano zebranie poświęcone budowie nowej placówki.

  W zebraniu zwołanym z inicjatywy grupy kierowanej przez Pana Edwarda Wrzesińskiego, wzięli udział przedstawiciele ówczesnych władz wojewódzkich, terenowych oraz dyrektorzy wielu zakładów pracy.

  Podczas zebrania zwołano Społeczny Komitet Budowy Szkoły Specjalnej, który przesłał apel do mieszkańców Brodnicy i okolic oraz zakładów pracy i instytucji o pomoc społeczną i wsparcie finansowe na budowę szkoły. Apel spotkał się z szerokim odzewem. Dzięki pomocy dużej rzeszy ludzi można było przystąpić do budowy nowej szkoły.

  Dnia 29 sierpnia 1987 roku zaczęto przygotowywać teren pod budowę nowej placówki przy ulicy Kochanowskiego w Brodnicy. Wykonawcą było Brodnickie Przedsiębiorstwo Komunalne pod kierownictwem Pana Z. Brążkiewicza. Uroczyste wmurowanie aktu erekcyjnego nastąpiło 28 października 1987 roku.

   Pierwszy raz mury nowej szkoły uczniowie z nauczycielami przekroczyli 1 września 1989 roku. W nowej Szkole Podstawowej Specjalnej rozpoczęło naukę 142 uczniów w 11 oddziałach. Pierwszym dyrektorem nowej placówki była Pani Maria Wrzesińska.

  Z początkiem roku szkolnego 1992/1993 obowiązki dyrektora przejęła Pani Anna Słomińska i pełni je do dnia dzisiejszego.